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      專家信息 科學(xué)研究 論文專著 榮譽(yù)獎(jiǎng)勵(lì) 媒體報(bào)道

      專家信息:


      賀雄雷,男,1977年出生,博士,F(xiàn)任中山大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院生化與分子生物學(xué)教授,博士生導(dǎo)師。

      教育及工作經(jīng)歷:

      1994年9月至1998年7月中山大學(xué)本科,微生物專業(yè)。

      1998年9月至2001年7月中山大學(xué)碩士研究生,生化與分子生物學(xué)專業(yè)。

      2004年1月至2007年4月美國密歇根大學(xué)生態(tài)與進(jìn)化系,獲哲學(xué)博士學(xué)位。

      2007年至今中山大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院教授。

      社會(huì)任職:

      1. Molecular Biology & Evolution、PLoS Genetics、PLoS Computational Biology、PLoS One等雜志ad hoc reviewer。

      資料更新中……

      教學(xué)情況:

      主講課程:

      資料更新中……

      培養(yǎng)研究生情況:

      資料更新中……

      科學(xué)研究:


      研究方向:

      主要從事進(jìn)化遺傳學(xué)、基因組學(xué)與計(jì)算生物學(xué)的研究。

      承擔(dān)科研項(xiàng)目情況:

      1. 國家重點(diǎn)基礎(chǔ)研究發(fā)展計(jì)劃(973計(jì)劃)項(xiàng)目:稻飛虱基因組數(shù)據(jù)分析和規(guī);δ芑蜩b定技術(shù)研究,2009,課題主持人。

      2. 國家自然科學(xué)基金重大研究計(jì)劃:應(yīng)用系統(tǒng)生物學(xué)手段研究植物激素的相互作用網(wǎng)絡(luò),2007-2010,課題主持人。

      3. 國家自然科學(xué)基金:基因組規(guī)模的單基因重復(fù)的后果的研究,2008-2011,課題主持人。

      4. 中山大學(xué)科技處:中山大學(xué)后備人才培養(yǎng)基金,2008-2010,課題主持人。

      5. 生物防治國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室B類基金:蛋白編碼區(qū)與表達(dá)調(diào)控區(qū)在適應(yīng)性進(jìn)化中的相對(duì)貢獻(xiàn)的研究,2008-2009,課題主持人。

      科研成果:

      1. 提出了關(guān)于基因重復(fù)的sub-neo-functionalization模型。

      2. 闡明了基因重復(fù)能力和基因復(fù)雜性的關(guān)系,指出基因重復(fù)使基因數(shù)量和基因復(fù)雜性同時(shí)增加;發(fā)現(xiàn)了功能不重要的基因傾向于發(fā)生基因重復(fù)這一重要現(xiàn)象。

      3. 發(fā)現(xiàn)染色質(zhì)的基本結(jié)構(gòu)核小體可以特異性的抑制C->T,G->T 和 A->T 這三種堿基突變。

      4. 揭示了染色質(zhì)結(jié)構(gòu)這一重要表觀遺傳學(xué)因子對(duì)DNA突變這一核心遺傳學(xué)事件的調(diào)節(jié)。

      發(fā)明專利:

      1. 用于構(gòu)建T載體的DNA序列及用該序列制備T載體的方法 王∴章; 賀雄雷; 付捷; 龍綮新 【中國專利】中山大學(xué) 2002-04-17

      2. 一種T載體的制備方法 王∴章; 賀雄雷; 付捷; 龍綮新 【中國專利】中山大學(xué) 2002-05-01

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      論文專著:


      以第一或通訊作者身份在Science、Nature Genetics、Current Biology、PLoS Genetics、MBE等雜志上發(fā)表論文10余篇。

      出版專著:

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      發(fā)表英文論文:

      1. Xionglei He and Jianzhi Zhang. 2005. Rapid subfunctionalization accompanied by prolonged and substantial neofunctionalization in duplicate gene evolution. Genetics. 169:1157-64.

      2. Xionglei He and Jianzhi Zhang. 2005. Gene complexity and gene duplicability. Curr Biol. 15:1016-21.

      3. Jianzhi Zhang and Xionglei He. 2005. Significant impact of protein dispensability on the instantaneous rate of protein evolution. Mol Biol Evol. 22:1147-55.

      4. Xionglei He and Jianzhi Zhang. 2006. Higher duplicability of less important genes in yeast genomes. Mol Biol Evol. 23:144-51.

      5. Xionglei He and Jianzhi Zhang. 2006. Transcriptional reprogramming and backup between duplicate genes: is it a genomewide phenomenon?Genetics. 172:1363-7.

      6. Xionglei He and Jianzhi Zhang. 2006. Toward a molecular understanding of pleiotropy. Genetics. 173:1885-91.

      7. Xionglei He and Jianzhi Zhang. 2006. Why do hubs tend to be essential in protein networks? PLoS Genetics. 2(6):e88

      8. Xionglei He* and Jianzhi Zhang*. 2009. On the Growth of Scientific Knowledge: Yeast Biology as a Case Study. PLoS Computational Biology 5(3):e1000320.(*joint corresponding authors)

      9. Xiaoshu Chen, Suhua Shi and Xionglei He. 2009. Evidence for gene length as a determinant of gene co-expression. Genetics. (Accepted)

      發(fā)表中文論文:

      1 斜紋夜蛾核多角體病毒(SpltNPV)堿性核酸外切酶基因的序列分析 李鎮(zhèn); 龍綮新; 賀雄雷; 鄭姬; 王珣章; 龐義 中山大學(xué)生物防治國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室昆蟲學(xué)研究所; 中山大學(xué)生物防治國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室昆蟲學(xué)研究 【期刊】農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào) 2001-09-15

      2 南方紅豆杉內(nèi)生菌及紫杉烷類產(chǎn)物的初步鑒定 王偉; 賀雄雷; 鐘英長 中山大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院 【期刊】中山大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版) 1999-05-25

      3 斜紋夜蛾核多角體病毒(SpltNPV)基因組EcoRI-G片段的序列分析 李鎮(zhèn); 龍綮新; 袁美妗; 賀雄雷; 龐義; 王王旬章 中山大學(xué)生物防治國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 中山大學(xué)生物防治國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 廣東廣州; 廣東廣州 【期刊】中國病毒學(xué) 2002-06-30

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      榮譽(yù)獎(jiǎng)勵(lì):


      1. 獲國家杰出青年基金。

      2. 入選中山大學(xué)“百人計(jì)劃”。

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      媒體報(bào)道一:


      不到30歲即成中大教授 中大四大少帥之賀雄雷

      34歲教授賀雄雷關(guān)于DNA研究

      成為中大史上首篇《科學(xué)》論文

      中山大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院賀雄雷教授領(lǐng)導(dǎo)的課題組,在研究染色質(zhì)結(jié)構(gòu)如何調(diào)節(jié)DNA突變工作中取得重要進(jìn)展,其研究成果以論文形式發(fā)表在3月9日的《科學(xué)》雜志上。這是中大史上首篇以第一單位在《科學(xué)》雜志發(fā)表的論文。尤為引人注意的是,不到30歲的賀雄雷2007年到中大任教時(shí)是該校當(dāng)時(shí)最年輕的教授和博士生導(dǎo)師之一。他的學(xué)士、碩士學(xué)位皆在中大獲得,可以說是中大自己培養(yǎng)的優(yōu)秀學(xué)生。

      今年,他只有34歲。

      對(duì)話賀雄雷

      發(fā)了文章該干嗎還要干嗎

      記者:祝賀您在《科學(xué)》雜志上發(fā)表論文。

      賀雄雷:Nature、Science每年出版50多期,每期合計(jì)論文數(shù)量在30篇左右。你發(fā)一篇文章其實(shí)也就是一篇文章,該干嗎還要干嗎。

      記者:有人說您是中大最年輕的教授。

      賀雄雷:加上“之一”應(yīng)該更保險(xiǎn)一些。我在接收中大聘書的時(shí)候還不到30歲,但到中大報(bào)到的時(shí)候已經(jīng)到30歲了。

      記者:為什么選擇到中大,是什么機(jī)緣,當(dāng)時(shí)有沒有其他的選擇?

      賀雄雷: 我想其中比較重要的一個(gè)原因?yàn)楫吘刮沂侵写蟪鋈サ。我?994級(jí)的中大本科,1998級(jí)的中大碩士。博士畢業(yè)后,中大有這樣的機(jī)會(huì),可以較早開始自己的研究。2009年的時(shí)候我有兩篇論文,從2010年開始有大的成果。中大在這方面是很寬松的,也確實(shí)是比較科學(xué)的,一個(gè)生物實(shí)驗(yàn)室通常要花兩年的時(shí)間,才能開始有自己的研究成果。

      記者:您2001~2004年這段時(shí)間也在中大?

      賀雄雷:在中大實(shí)驗(yàn)室做實(shí)驗(yàn),在實(shí)驗(yàn)室自由發(fā)揮,但是沒有什么身份,可以說是“碩士后”。

      記者:那時(shí)沒有收入?

      賀雄雷:畢業(yè)后沒有什么事,在實(shí)驗(yàn)室里自己折騰。當(dāng)時(shí)沒有收入。

      記者:當(dāng)時(shí)對(duì)前程感到焦慮嗎?

      賀雄雷:沒有焦慮是假的。其實(shí)當(dāng)時(shí)也可以做其他的工作,但這些都是要上班,要按時(shí)起床,自己不是很喜歡這種生活方式。

      記者:您如此年輕,教授的頭銜會(huì)帶給您壓力嗎?有沒有更多的人關(guān)注您,有沒有爭議?

      賀雄雷:爭議不知道有沒有,但起碼沒人告訴我。中大的氛圍還是很好的,在生科院誰做出東西,大家都會(huì)替你開心一下。

      記者:中大去年在《自然》雜志發(fā)論文,今年在《科學(xué)》雜志發(fā)論文,您怎么看這個(gè)現(xiàn)象?

      賀雄雷:有偶然也有必然。生科院這幾年的發(fā)展確實(shí)是不錯(cuò)的。不過也要注意到,現(xiàn)在這個(gè)時(shí)期是生物學(xué)的黃金時(shí)期,在這兩個(gè)雜志上一半以上的文章與生物學(xué)相關(guān),這是學(xué)科的一個(gè)黃金時(shí)期。媒體可以呼吁學(xué)生來讀生物學(xué),從中國的科學(xué)發(fā)展來說,生物學(xué)是有很好的發(fā)展機(jī)會(huì)。

      記者:你當(dāng)初選擇這個(gè)專業(yè)是怎樣考慮的?

      賀雄雷:那完全是一個(gè)意外,當(dāng)時(shí)我選擇的是計(jì)算機(jī)。生物學(xué)不是我的志愿。當(dāng)年湖南高考,高考都不考這個(gè)學(xué)科。

      記者:您現(xiàn)在給研究生上課嗎?

      賀雄雷:固定的是《生物信息學(xué)》,是跟幾個(gè)老師共同上課,也會(huì)開一個(gè)生命科學(xué)進(jìn)展方面的講座。

      研究成果

      揭示染色質(zhì)結(jié)構(gòu)對(duì)DNA突變的調(diào)節(jié)機(jī)制

      《科學(xué)》(Science)雜志和《自然》(Nature)雜志是國際上最具影響力的兩大學(xué)術(shù)期刊,反映科學(xué)研究的前沿進(jìn)展。

      賀雄雷課題組的這篇文章講的是染色質(zhì)結(jié)構(gòu)如何調(diào)節(jié)DNA突變。據(jù)介紹,突變是生物演化的基礎(chǔ),也是疾病發(fā)生的主要原因。人類的遺傳物質(zhì)DNA由A、T、C和G四種堿基組成,其中C堿基很容易發(fā)生水解脫氨,最后突變成T堿基,引起人類遺傳物質(zhì)的變異。

      據(jù)統(tǒng)計(jì),1/4的人類遺傳疾病是由上述突變引起。因此關(guān)于這類突變在細(xì)胞內(nèi)是否或如何被調(diào)節(jié)是一個(gè)極具價(jià)值的問題。賀雄雷教授團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn),真核生物細(xì)胞中核小體結(jié)構(gòu)可以抑制C的水解脫氨,從而降低C到T的突變。該重大發(fā)現(xiàn)揭示了染色質(zhì)結(jié)構(gòu)對(duì)遺傳核心事件——DNA突變的調(diào)節(jié)機(jī)制,對(duì)于腫瘤發(fā)生機(jī)理的研究以及防治提供了珍貴的參考價(jià)值,并對(duì)理解核生物基因組結(jié)構(gòu)及生物進(jìn)化具有重要指導(dǎo)作用。

      名列中大“四大少帥”

      年紀(jì)輕輕已現(xiàn)華發(fā)

      賀雄雷1977年生于湖南,1994年本科進(jìn)入中大生物系。其實(shí),當(dāng)年他本科報(bào)考的專業(yè)是計(jì)算機(jī),陰差陽錯(cuò)地被調(diào)劑到生物學(xué)。

      1998年,賀雄雷在中大攻讀碩士學(xué)位,他開始對(duì)生物學(xué)有了特別的興趣,用他自己的話說“也開始愿意在試驗(yàn)室折騰”。2007年,他到美國密歇根大學(xué)攻讀博士。

      2001年到2004年這段時(shí)間里,賀雄雷在中大實(shí)驗(yàn)室“沒有名分”地做著實(shí)驗(yàn),但他樂在其中。這段時(shí)間,他沒有收入,僅與實(shí)驗(yàn)為伴。其實(shí),他也可以找份脫離學(xué)術(shù)研究的工作,但用他自己的話說“做其他事要按時(shí)起床,做科研的好處是可以睡到自然醒!

      2007年從美國密歇根大學(xué)博士畢業(yè)后,通過中山大學(xué)“百人計(jì)劃”引進(jìn)回校,并直接被聘為教授,還不到30歲,他也成為中大當(dāng)時(shí)最年輕的教授和博士生導(dǎo)師之一。

      賀雄雷告訴記者,按照美國學(xué)術(shù)界的慣例,拿到博士學(xué)位,通常需要進(jìn)行3~4年的博士后研究,但到中大能直接進(jìn)行學(xué)術(shù)研究免去這一過程,“可以早幾年開始自己的獨(dú)立研究”,這對(duì)他來說相當(dāng)具有誘惑力。何況受聘中大教授,便可以獨(dú)立申請經(jīng)費(fèi),有自己的實(shí)驗(yàn)室,并能招收自己的學(xué)生。

      “我也應(yīng)該開個(gè)微博”

      2007年進(jìn)入中大工作,2009年開始發(fā)表論文,2010年發(fā)表重要學(xué)術(shù)論文。賀雄雷解釋說,生物學(xué)一個(gè)新實(shí)驗(yàn)室基本也要花兩年左右的時(shí)間才能起步,開始出現(xiàn)屬于自己的研究成果。他坦言,感謝中大的包容氣氛。

      年紀(jì)輕輕便成教授,是否感到壓力?賀雄雷自言,“還好,畢業(yè)時(shí)自己在科學(xué)上已經(jīng)比較成熟,知道該做什么和怎么做”。

      在賀雄雷看來,現(xiàn)在是生物學(xué)發(fā)展的黃金時(shí)間,在《自然》和《科學(xué)》雜志發(fā)表的論文中,約有一半以上與生物學(xué)有關(guān)。他還為生物學(xué)做廣告,呼吁學(xué)生報(bào)考生物學(xué),想從事學(xué)術(shù)研究生物學(xué)無疑是最佳選擇之一。

      “我也應(yīng)該開個(gè)微博,不要顯得那么老土。”不過,即使當(dāng)真開了微博,相信他也不一定有精力來打理。

      雖然有學(xué)生稱他為中大“四大少帥”之一,但賀雄雷黑發(fā)間已有數(shù)量不少的白絲。這些家伙何時(shí)開始出現(xiàn)他自己都不太清楚,但至少2007年回國時(shí)它們還沒有露出“尊容”!斑@次發(fā)表的論文對(duì)白頭發(fā)的貢獻(xiàn)在1/2以上吧!辟R雄雷笑言?蒲谐晒趲硐矏偟耐瑫r(shí),期間的辛苦付出他頭上的白發(fā)應(yīng)可做見證。

      文章來源:《廣州日報(bào)》2012年03月13日

      媒體報(bào)道二:


      生物通專訪中山大學(xué)賀雄雷教授

      春三月,來自中山大學(xué)的一位青年學(xué)者用一種獨(dú)到的方式講述了生命體細(xì)胞突變的故事,這個(gè)故事不僅提出了染色質(zhì)結(jié)構(gòu)這一表觀遺傳學(xué)因子是可以通過調(diào)節(jié)突變方向影響基因組結(jié)構(gòu)的獨(dú)創(chuàng)性觀點(diǎn),而且也指出了一些跨學(xué)科研究方法在分子遺傳學(xué)領(lǐng)域的更深入應(yīng)用。學(xué)科間的激情碰撞,也許將會(huì),或者已經(jīng)誕生出一顆新星。

      生物通報(bào)道:春三月,來自中山大學(xué)的一位青年學(xué)者用一種獨(dú)到的方式講述了生命體細(xì)胞突變的故事,這個(gè)故事不僅提出了染色質(zhì)結(jié)構(gòu)這一表觀遺傳學(xué)因子是可以通過調(diào)節(jié)突變方向影響基因組結(jié)構(gòu)的獨(dú)創(chuàng)性觀點(diǎn),而且也指出了一些跨學(xué)科研究方法在分子遺傳學(xué)領(lǐng)域的更深入應(yīng)用。學(xué)科間的激情碰撞,也許將會(huì),或者已經(jīng)誕生出一顆新星。

      這位青年學(xué)者就是中山大學(xué)生科院“百人計(jì)劃”入選者:賀雄雷教授,這位現(xiàn)年35歲的青年教授自2007年進(jìn)入中大以來,致力于染色體的研究,目前已經(jīng)分別以第一作者和通訊作者的身份在國際頂尖雜志Nature Genetics(影響因子34.284)上發(fā)表兩篇文章,而最新這項(xiàng)成果——發(fā)現(xiàn)真核生物細(xì)胞中核小體結(jié)構(gòu)可以抑制胞嘧啶C的水解脫氨,從而降低胞嘧啶C到胸腺嘧啶T的突變,則是以Report形式發(fā)表在Science雜志上,這也是中山大學(xué)近十年來首次以第一單位在Science上發(fā)表論文。

      但是這個(gè)故事令我們著迷的并不僅是這些,關(guān)于細(xì)胞內(nèi)DNA組成和結(jié)構(gòu)如何影響自發(fā)突變還是個(gè)未解之謎,賀教授是如何入手研究,找到依據(jù)的呢,為何他稱這一成果是從一個(gè)廢棄研究中而來的?約40%的人類孟德爾遺傳疾病(即單基因。┦怯蒀→T突變導(dǎo)致的,那么這項(xiàng)研究對(duì)于疾病來說的意義在哪里呢?從 “誤”入生命科學(xué)學(xué)科領(lǐng)域,到遺傳學(xué)領(lǐng)域“茁壯成長”,再到聚焦于新興學(xué)科,賀教授又有哪些感觸呢?就此生物通特聯(lián)系采訪了賀教授。

      “誤”入生命科學(xué)學(xué)科領(lǐng)域

      賀雄雷教授稱自己與生命科學(xué)領(lǐng)域的結(jié)緣“完全是一個(gè)意外”,因?yàn)楫?dāng)年高考時(shí),他并沒有報(bào)考這個(gè)專業(yè),在湖南參加高考也不需要選考生物這門課程,由于第一志愿計(jì)算機(jī)專業(yè)沒有錄上,因此才被調(diào)劑到生命科學(xué)專業(yè)。

      然而這一“誤入”卻給了他另一片發(fā)展空間:2007年從美國密歇根大學(xué)博士畢業(yè)后,賀雄雷教授通過中山大學(xué)“百人計(jì)劃”引進(jìn)并直接被聘為教授,當(dāng)時(shí)年僅 30歲;氐侥感:,他致力于染色體的研究,2010年分別以第一作者和通訊作者在國際頂尖期刊《Nature Genetics》發(fā)表兩篇論文。而這篇最新發(fā)表于Science雜志上的成果,更是實(shí)現(xiàn)了中大近十年來歷史性突破。

      具體來說,這項(xiàng)成果指出真核生物細(xì)胞中核小體結(jié)構(gòu)是自發(fā)突變的一個(gè)主要調(diào)控因子,可以抑制堿基C的水解脫氨,從而降低C到T的突變。所謂自發(fā)突變,就是字面上的意思——自然發(fā)生的突變,這個(gè)概念是相對(duì)于誘發(fā)突變而言的,一些情況,比如DNA復(fù)制錯(cuò)誤,或者分子偶發(fā)事件未被糾正就會(huì)引發(fā)堿基突變等,就會(huì)發(fā)生自發(fā)突變。

      自發(fā)突變的頻率不高,但是A、T、C和G四種堿基突變,尤其是C到T的突變相對(duì)較高,人類孟德爾遺傳疾。磫位虿。40%就是由此引發(fā),還有一些研究證明,單堿基突變會(huì)增加結(jié)腸癌(Nature Geneitcs,2009)等癌癥患病率風(fēng)險(xiǎn)。

      “我們自己生產(chǎn)了酵母核小體數(shù)據(jù),最初是想研究核小體與基因表達(dá)的共演化,但這一問題被人搶先完成,所以只能舍棄”,賀雄雷說,“但是在研究過程中,我們發(fā)現(xiàn)一個(gè)有趣的現(xiàn)象——核小體區(qū)域的GC含量較其它區(qū)域高”。他們敏感的將這一點(diǎn)與C→T的突變聯(lián)系起來。

      賀雄雷等首先通過比較基因組學(xué)分析了三種親緣關(guān)系近的酵母:釀酒酵母(Saccharomyces cerevisiae), 奇異酵母(Saccharomyces paradoxus),以及粟酒裂殖酵母(Saccharomyces mikatae),發(fā)現(xiàn)C→T突變率與核小體覆蓋成負(fù)相關(guān),隨后一項(xiàng)突變累積實(shí)驗(yàn)證實(shí)核小體的覆蓋抑制C→T突變率。后續(xù)分析發(fā)現(xiàn)G→T突變率和A→T突變率也同樣與核小體數(shù)量呈負(fù)相關(guān),提示核小體的覆蓋也可能抑制這兩種突變。之后他們又在更高等的線蟲和魚類得到類似的結(jié)果。

      研究組討論了其中的機(jī)理原因,指出核小體幾乎完全抑制水解脫氨來源的C→T 突變,可能的機(jī)制是核小體的存在抑制了雙鏈DNA的呼吸,使水分子不能靠近堿基C的N-3和C-4位置。而核小體還可以抑制~50%的G→T和A→T突變,可能的機(jī)制是組蛋白與DNA的結(jié)合使DNA免受活性氧自由基的攻擊。

      這項(xiàng)研究的重要性在于指出了核小體在基因組結(jié)構(gòu)進(jìn)化,以及疾病發(fā)展過程中的重要作用。而且研究也指出進(jìn)化學(xué)分析中原有突變模型過于簡單,也許需要改進(jìn)。另外鑒于腫瘤的發(fā)生以及誘導(dǎo)多功能干細(xì)胞的獲得均與染色質(zhì)結(jié)構(gòu)改變密切相關(guān),這一發(fā)現(xiàn)對(duì)理解相關(guān)體細(xì)胞突變也具有重要理論價(jià)值。

      遺傳學(xué)領(lǐng)域“茁壯成長”

      在談到自己的求學(xué)生涯的時(shí)候,賀雄雷說在中大的10年時(shí)間,學(xué)校、導(dǎo)師都給了他很自由的學(xué)術(shù)空間。他碩士研究生導(dǎo)師“不會(huì)過多地限制我該做什么,特別是碩士畢業(yè)后2001年到2004年,幾乎就是完全在憑興趣做一些實(shí)驗(yàn),雖然沒取得什么成果,還花了不少錢,但過得很有意義!

      正是這種寬松的環(huán)境令賀雄雷教授對(duì)生命科學(xué)產(chǎn)生了濃厚的興趣,也正是這種學(xué)術(shù)氛圍,以及對(duì)于中大的眷戀令他在博士畢業(yè)后回到了母校。回國后,賀雄雷被當(dāng)時(shí)的黃達(dá)人校長動(dòng)用“校長酌情權(quán)”破格直聘為教授,成為中大最為年輕的博士生導(dǎo)師之一。之后他用兩年的時(shí)間搭建其自己的實(shí)驗(yàn)室和科研團(tuán)隊(duì),獨(dú)立申請科研經(jīng)費(fèi)。

      2010年初,賀雄雷開始染色質(zhì)結(jié)構(gòu)調(diào)節(jié)DNA突變的研究。也就是在這一年,他分別以第一作者和通訊作者的身份在國際頂尖期刊Nature Genetics發(fā)表兩篇論文。當(dāng)時(shí)生物通曾聯(lián)系過他,希望能進(jìn)行采訪,但他表示“等之后獲得更多成果的時(shí)候再說”,果然在不久后的2012年,他的研究組又再次在Science雜志上發(fā)表文章,獲得突破性進(jìn)展。

      在這篇論文中,賀雄雷等人主要采用的是比較基因組學(xué)方法——通過三種酵母的比較,他們了解了這種調(diào)控機(jī)制,通過酵母與線蟲的比較,他們分析了核小體是否調(diào)控其它類型置換突變。

      比較基因組學(xué)是一種在基因組圖譜和測序基礎(chǔ)上,對(duì)已知的基因和基因組結(jié)構(gòu)進(jìn)行比較,來了解基因的功能、表達(dá)機(jī)理和物種進(jìn)化的方法。

      這種方法有可能解決目前生物學(xué)研究中的一個(gè)中心問題——基因組中功能信息的識(shí)別詮釋。目前比較基因組學(xué)已經(jīng)應(yīng)用到了不少方面,比如疫情病原追蹤,去年德國爆發(fā)的大腸桿菌疫情中,全世界多個(gè)研究小組迅速調(diào)動(dòng),就對(duì)這種細(xì)菌基因組進(jìn)行測序和比對(duì)分析,在幾天之內(nèi)找到有效的治療方案。

      新的學(xué)科(系統(tǒng)生物學(xué))冉冉升起

      在談到這些研究方法的時(shí)候,賀雄雷教授表示,計(jì)算機(jī)在生物學(xué)研究方面的應(yīng)用越來越多,特別是隨著測序技術(shù)的進(jìn)步,基因組學(xué)研究進(jìn)入數(shù)據(jù)大爆炸時(shí)代。但是面對(duì)這些海量數(shù)據(jù),如何處理分析是一個(gè)問題。

      他強(qiáng)調(diào)道,“而且比較于處理數(shù)據(jù),在數(shù)據(jù)中進(jìn)行分析,得到自己想要的東西更為重要,這也許將成為一個(gè)新的發(fā)展方向。”

      這個(gè)新的發(fā)展方向就是系統(tǒng)生物學(xué)(Systems Biology),系統(tǒng)生物學(xué)不同于之前的任何一個(gè)實(shí)驗(yàn)生物學(xué)——僅關(guān)心個(gè)別的基因和蛋白質(zhì),它要研究所有的基因、所有的蛋白質(zhì)、組分間的所有相互關(guān)系。

      所以說,系統(tǒng)生物學(xué)不是蛋白質(zhì)組學(xué)、基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄本組學(xué)或代謝組學(xué),但是現(xiàn)階段流行的這些生命科學(xué)領(lǐng)域都與系統(tǒng)生物學(xué)密切相關(guān)。正是在基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)等新型大科學(xué)發(fā)展的基礎(chǔ)上,孕育了系統(tǒng)生物學(xué)。反過來,系統(tǒng)生物學(xué)的誕生進(jìn)一步提升了后基因組時(shí)代的生命科學(xué)研究能力。

      不少科學(xué)家認(rèn)為,近年來高通量技術(shù)以及計(jì)算生物學(xué)(不同于生物信息學(xué)主要進(jìn)行數(shù)據(jù)處理,計(jì)算生物學(xué)則側(cè)重于數(shù)據(jù)在不同方面的應(yīng)用)的發(fā)展,能在新的水平上揭示了生物學(xué)功能和組織的奧秘,通過分析系統(tǒng)生物學(xué),我們對(duì)于細(xì)胞的認(rèn)識(shí)就會(huì)煥然一新。

      “隨著研究方向從單個(gè)基因轉(zhuǎn)移到系統(tǒng),未來這一方向大有可為”,賀雄雷教授總結(jié)道。

      文章來源:《生物通》2012-5

      文章錄入:zgkjcx    責(zé)任編輯:zgkjcx 
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